1945年8月15日，日本投降前夕，已是强弩之末的日本为了扭转战局，利用隐秘在我东北哈尔滨平房区的关东军第七三一防疫给水部队，秘密实验足以改变日本命运的细菌武器计划，这个计划被命名为“夜晚的樱”。影片以侵华日军731部队在中国东北进行的细菌实验为背景，通过一个小人物的曲折命运，揭露731部队的罪行。